本文目录：
- 1、易基因|全基因组DNA甲基化测序分析全流程
- 2、甲基化水平超过正常水平0.05有什么意义
- 3、甲基化水平异常是什么意思
- 4、双端测序、DNA甲基化及CPG岛、转录组分析名词
- 5、DNA甲基化数据分析(二)
- 6、甲基化水平计算方法
易基因|全基因组DNA甲基化测序分析全流程
1、和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序 后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、CHH三种context，H代表非G位点（A、C、T）。
2、亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。
3、问题一：全基因组测序的技术路线 提取基因组DNA，然后随机打断，电泳回收所需长度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接头， 进行基因簇cluster制备或电子扩增E-PCR，最后利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法对插入片段进行测序。
4、视频12：甲基化测序 DNA的甲基化是在DNA的序列不变的条件下，在其中某些碱基上加上甲基的这样一个过程。
5、重亚硫酸盐测序 该方法可以从单个碱基水平分析基因组中甲基化的胞嘧啶。首先，利用重烟硫酸盐对基因组DNA进行处理，将未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基变成尿嘧啶。
甲基化水平超过正常水平0.05有什么意义
1、判断分期、分型、治疗监测。根据查询相关公开信息显示，甲基化是一种比较常见的微创检测方式，正常数值为0到6，超过6，存在高危前病变细胞，数值越高风险就越大，阳性反应就越强烈。
2、意思是甲基化指数高，有高危前病变细胞的可能性。根据科普中国查询，甲基化程度越高，呈现高度甲基化阳性反应，提示含有宫颈细胞或高危前病变细胞的可能。
3、指DNA分子上的甲基基团数量和位置的变化。
4、粪便dna甲基化检测三个基因的甲基化水平综合得分七分可怕。粪便dna甲基化检测三个基因的甲基化水平综合得分七分确诊肠癌的几率很大。肠癌指大肠癌。大肠癌是常见的恶性肿瘤，包括结肠癌和直肠癌。
甲基化水平异常是什么意思
1、海马dnt异常是指海马神经元中的细胞核DNA甲基化水平发生改变，导致神经元活动异常、记忆损失等问题。这种异常可能与饮食、环境等因素有关，也可能是遗传因素导致的。
2、意思是甲基化指数高，有高危前病变细胞的可能性。根据科普中国查询，甲基化程度越高，呈现高度甲基化阳性反应，提示含有宫颈细胞或高危前病变细胞的可能。
3、判断分期、分型、治疗监测。根据查询相关公开信息显示，甲基化是一种比较常见的微创检测方式，正常数值为0到6，超过6，存在高危前病变细胞，数值越高风险就越大，阳性反应就越强烈。
4、甲基化指数为7属于高风险指数，做肠镜的检查，有可能会出现肠炎或者是肠癌等现象，患癌风险高。所以最好检查清楚之后再进行治疗，要多注意观察身体的健康情况，注意饮食清淡。
5、DNA甲基化异常是目前研究最充分的表观遗传修饰方式。DNA甲基化是指在DNA甲基转移酶能在G（鸟嘌呤）前面的C（胞嘧啶）5′碳原子上共价催化地加上“甲基”。产生5-甲基胞嘧啶（5-mc）。
双端测序、DNA甲基化及CPG岛、转录组分析名词
CpG岛的甲基化修饰主要过程是在CpG甲基化结合蛋白（Methyl-CpG Binding Proteins.MBDs）和DNA甲基化转移酶（DNA methyltransferases.DNMTs）的作用下，使得CpG二核苷酸5’端的胞嘧啶转变为5’甲基胞嘧啶。
DNA甲基化（DNA methylation）为DNA化学修饰的一种形式，能够在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现。所谓DNA甲基化是指在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5碳位共价键结合一个甲基基团。
转录组研究的技术 转录组研究需要采用一系列的技术和方法，有高通量测序技术、生物信息学分析方法。高通量测序技术是获取转录组数据的主要手段，有RNA测序、cDNA测序技术。
．CG岛：基因组DNA中大部分CG二核苷酸是高度甲基化的，但有些成簇的、稳定的非甲基化的CG小片段，称为CG岛，存在于整个基因组中。“CG”岛特点是G+C含量高以及大部分CG二核苷酸缺乏甲基化。
CpG岛（CpG island）：CpG双核苷酸在人类基因组中的分布很不均一，而在基因组的某些区段，CpG保持或高于正常概率，这些区段被称作CpG岛，在哺乳动物基因组中的1~2kb的DNA片段，它富含非甲基化的CpG双倍体。
cpg位点的甲基化可以对基因表现有重要的影响。哺乳动物中，cpg序列在基因组中出现的频率仅有1%，远低于的其它双核苷酸序列。但在基因组的某些区域中cpg序列密度很高，可以达均值的5倍以上即所谓的cpg岛。
DNA甲基化数据分析(二)
第六列为未甲基化数目 在这里，需要对我们的数据利用R，linux或者python整理成DSS包所需输入文件格式。这里我使用python整理的输入文件格式。
DML是甲基化差异位点，DMR为甲基化差异区域。
提取甲基化信息 至此，所有CpG位点就全部被提取出来了。将CpG位点保存为 GR 文件 由于测序是区分正负链的，而在分析的时候不区分，所以需要合并正负链的信息。
MSAP是利用对DNA甲基化敏感的两种同裂酶Hpa II和Msp I来对基因组DNA进行酶切和连接。由于两种酶能够识别相同的限制性酶切位点，即CCGG位点。
甲基化水平计算方法
氯甲基化程度支持甲基化C的reads数除以总的reads数。苯与甲醛、氯化氢在无水氯化锌作用下反应制得，此反应称为氯甲基化反应，该过程也称为氯甲基化，全称为布兰克氯甲基化反。
平均β=信号B /（信号A +信号B + 100） 通过计算甲基化（信号A）和未甲基化（信号B）等位基因之间的强度比来确定DNA甲基化水平（β值）。
甲基化的一些预备知识 甲基化程度的量化 DMP（或DML，差异甲基化位点）与 DMR（差异甲基化区域）的关系。