什么是DNA甲基化?
dna甲基化的意思是：在DNA甲基化转移酶的作用下，在基因组CpG二核苷酸的胞嘧啶5碳位共价键结合一个甲基基团。
DNA甲基化（DNA methylation）是最早发现的修饰途径之一，大量研究表明，DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。
DNA甲基化简介DNA甲基化相关的蛋白甲基化的发生机理基因表达调控作用发育调控作用基因组印记作用简介DNA甲基化是常见的表观遗传学现象，它是指在DNA甲基转移酶（DNMTs）的作用下，将甲基添加在DNA分子中的碱基上。DNA甲基化的主要形式：5-甲基胞嘧啶，N6-甲基腺嘌呤和7-甲基鸟嘌呤。
DNA甲基化是DNA化学修饰的一种形式，它在不改变DNA序列的情况下，影响遗传表现。这一过程发生在DNA甲基化转移酶的作用下，使CpG二核苷酸的胞嘧啶5号碳位结合一个甲基基团。研究表明，DNA甲基化能够改变染色质结构、DNA构象、DNA稳定性以及DNA与蛋白质的相互作用方式，从而调控基因表达。
真核细胞中的mrna帽子结构是
1、真核细胞中的mrna帽子结构是7-甲基鸟嘌呤核苷三磷酸。它位于mRNA的5端，并在转录后即刻被添加。这个帽子结构对于稳定mRNA、促进翻译起始以及免遭内切酶降解都非常重要。这是一个关于真核细胞中mRNA帽子结构的陈述。
2、在真核细胞中，最常见的mRNA帽子结构是m^7GpppNmp（Nm）pN，其中m^7G表示甲基化的鸟嘌呤，pp表示两个磷酸基团，N表示任何核苷酸，m和p分别表示修饰的胞嘧啶和鸟嘌呤。
3、是7-甲基鸟嘌呤，帽子结构具有稳定mRNA的作用，在翻译起始中有重要作用。
mrna是由什么产生的
1、mRNA是由hnRNA经过加工形成的。转录过程生成的前体RNA（hnRNA）需通过戴帽、加尾和剪切三个步骤成为成熟mRNA，进而参与蛋白质合成。戴帽是5’端修饰，添加一个7-甲基鸟嘌呤三磷酸帽子，同时2’-O甲基化。此过程发生在mRNA前体长度约25～30bp时。
2、mRNA是由编码蛋白质的基因转录形成的，最初被称为hnRNA，通过将内含子去除后，成为成熟的mRNA。这一过程主要在细胞核内完成。rRNA则由rDNA转录产生，一部分在核仁中合成，另一部分则是在核仁外合成后移入核仁中。核仁是细胞核内一个重要区域，负责rRNA的合成与加工。
3、mRNA是DNA遗传信息的桥梁，通过转录过程产生，携带着基因的指令，指挥蛋白质的合成。与DNA中的遗传信息以核苷酸序列的形式储存不同，mRNA通过密码子来编码，每个密码子对应特定氨基酸，但终止密码子则标志着蛋白质合成的终点。
真核生物mRNA帽子的结构类型有
1、帽子结构通常有三种：m7GPPPN，m7GPPPNm，m7GPPPNmNm。它们分别被称为O型、I型和II型。m7GPPPN的N（5端第一个核苷酸）的核糖上不带有甲基。m7GPPPNm的N（5端第一个核苷酸）的核糖被甲基化。m7GPPPNmNm的5末端的两个核苷酸的核糖都被甲基化。
2、端部G的7位加上一个甲基，仅仅拥有这样单一甲基的称为帽子0（cap），所有真核生物都有。2，第二位碱基糖链的2-O位置加上一个甲基，带有上述俩个甲基的称为帽子1（cap1），除了单细胞生物外，这是一种多数的帽子形式。
3、帽子结构是指在真核生物中转录后修饰形成的成熟mRNA在5端的一个特殊结构，即m7GPPPN结构，又称为甲基鸟苷帽子。mRNA的结构与功能：mRNA是单链核酸，其在真核生物中的初级产物称为HnRNA。
4、真核生物mRNA一般由帽子结构、聚腺苷酸尾巴构成。分子中除G构成帽子外，常含有其他修饰核苷酸，如A等。帽子结构通常有3种类型：m7GPPPN，m7GPPPNm，m7GPPPNmNm。真核细胞线粒体中的mRNA无帽子结构。一般认为帽子的功能与翻译的启动有关。也叫前导顺序。
5、真核细胞的mRNA通常具有帽子结构，这是一种特殊的化学修饰，位于mRNA的5端。这种帽子结构的主要作用是保护mRNA免受核酸酶的降解，并促进蛋白质的合成。
6、端的一个核苷酸总是7-甲基鸟核苷三磷酸（m7GpppAGpNp）。mNRA5’端的这种结构称为帽子（cap）。不同真核生物的mRNA具有不同的帽子。mRNA的帽结构功能：①能被核糖体小亚基识别，促使mRNA和核糖体的结合；②m7Gppp结构能有效地封闭RNA 5’末端，以保护mRNA免疫5’核酸外切酶的降解，增强mRNA的稳定。
450k甲基化基础(一)
探针是以甲基化位点为单位的，每个探针对应检测一个甲基化位点。为了能够区分甲基化位点和非甲基化位点，在450K 和 850K中，有两种类型的探针，分别叫做I 型探针和 II 型探针 对于human 来说，目前主流的DNA甲基化芯片有450K 和 850K 两种，都是illumina 公司研发的。
和甲基化有关的。 可以先了解下甲基化： 450k甲基化基础 450K甲基化芯片数据处理传送门 450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等。甲基化的一些预备知识 甲基化程度的量化 DMP（或DML，差异甲基化位点）与 DMR（差异甲基化区域）的关系。
研究者通过450k芯片验证了甲基化一致性，并筛选出2550个差异CpG位点。通过LASSO和SVM-RFE算法，他们识别出30个关键CpG位点，其中cg20657849（SCAND3）、cg19406367（SGIP1）和cg19931348（PI3）与复发高度相关，构建的危险系数评分模型可有效预测复发风险。
查询示例包括：1）在 harmonized 数据库中搜索复发性 GBM 样本的甲基化数据，结果包含13个样本信息；2）分别从 harmonized 数据库获取所有包含甲基化数据（450k）和表达数据的乳腺癌患者信息；3）查询乳腺癌原始测序数据（bam）。
大样本队列甲基化研究的多种应用思路，包括EWAS分析、肿瘤分型、机器学习建模等，将在本文系列中逐一探讨。以《Journal of Clinical Oncology》和《Nature》为例，研究者揭示了甲基化在肝癌和神经系统肿瘤中的关键作用。
DNA甲基化如何影响基因表达?
1、当DNA上的某些位点被甲基化时，它可能会抑制基因的转录，从而导致基因失活，这就是我们所说的DNA甲基化调控基因表达的方式。除了5-mC，还有一些少见的甲基化形式，如N6-甲基嘌呤（N6-mA）和7-甲基鸟嘌呤（7-mG），尽管它们的数量相对较少，但也在甲基化调控中发挥着作用。
2、DNA甲基化发生于DNA的CpG island （CG序列密集区）。发生甲基化后，那段DNA就可以和甲基化DNA结合蛋白相结合。结合后DNA链发生高度的紧密排列，其他转录因子，RNA合成酶都无法再结合了，所以这段DNA的基因就无法得到表达了。
3、DNA甲基化通常抑制基因表达，去甲基化则诱导了基因重新活化和表达。这种DNA修饰方式在不改变基因序列的前提下实现对基因表达的调控。
4、DNA甲基化主要发生在富含CG的区域，所以称为CpG岛。如CpG岛位于某基因的启动子区域，CpG岛的甲基化会显著降低甚至完全沉默该基因的转录，继而影响蛋白的表达。
5、DNA甲基化能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。比如：甲基化会促使异染色质化，DNA构象改变（如Z型-B型之间的转变）。
6、DNA甲基化。DNA甲基化是一种常见的表观遗传修饰方式，通过在DNA碱基上添加甲基基团来调节基因表达，DNA甲基化会导致某些基因的启动子区域被甲基化，使其转录因子难以结合，从而抑制基因的转录和表达。