甲基尿嘧啶分析方法（甲基嘧啶磷怎么使用）

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1、DNA甲基化的检测原理主要基于两种方法：甲基化特异性酶切和甲基化特异性结合。甲基化特异性酶切：该方法利用DNA甲基化与未甲基化DNA的敏感性差异，通过特定的限制性内切酶进行酶切反应。

2、亚硫酸氢盐测序法（Bisulfite sequencing PCR，BSP）用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。

3、首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。

4、首先按照比对的基因组坐标进行排序去除多重比对、重复、未比对上的reads 最后就得到了排序且去重的BAM文件了提取甲基化信息至此，所有CpG位点就全部被提取出来了。

5、首先，甲基化转移酶并不是同等地接近所有染色体区域。

6、对不同组别之间DNA甲基化进行差异分析这里我们使用DSS包自带的数据 1 加载DSS包，并读取甲基化数据 2构建BSobj对象可以看出我们的数据包括4个样本，34739个甲基化位点。

可能当初DNA就是因为U被甲基化修饰成了T而不易被某些酶降解因此更稳定。用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变；随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。

一般来说，DNA甲基化主要作用在于调控基因的表达，即基因启动子区域CpG岛的甲基化水平越高，其对应基因的表达水平就相对越低；DNA甲基化受到甲基化酶（如DNMT3A）和去甲基化酶（TET2）的调控。

尿嘧啶是RNA特有的碱基，相当于DNA中的胸腺嘧啶（T）。是组成RNA四种构成的碱基之一。在DNA的转录时取代 DNA 中的胸腺嘧啶，与腺嘌呤配对。将尿嘧啶甲基化即得胸腺嘧啶（T）。

用亚硫酸氢盐处理基因组DNA，则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶，而甲基化的胞嘧啶不变。

NA在理论上是有可能存在U的，但是出现U的话，细胞会认定为损伤，将其切除然后换成正常的。U可以从C转换过来，就换成C（尿嘧啶可以由胞嘧啶转化而来），如果U是在DNA复制过程中直接掺入，则换成T。

一般情况下胞嘧啶脱氨基之后变成尿嘧啶，在脊椎动物DNA中胞嘧啶经5-甲基化和脱氨基后生成胸腺嘧啶。

1、普通的测序不能找到甲基化位点。这里有几种常用的找甲基化位点的测序方法：第一种是重亚硫酸盐测序。

2、而发生了甲基化的胞嘧啶未发生脱氨基，因而，可以基于此将经重亚硫酸盐处理的和未处理的测序样本进行比较来发现甲基化的位点。

3、图 1 四个问题 0 版本之第三个问题 Methylation-specific PCR，MSP 如果只是定性地看甲基化的状态，最简单快捷的是甲基化特异性的 PCR。MSP 可以快速检测 CpG 岛中任意一组 CpG 位点的 DNA 甲基化状态。

4、通过电泳检测MSP扩增产物，如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段，则说明该位点存在甲基化；反之，说明被检测的位点不存在甲基化。

1、【答案】：C 本题要点为RNA与DNA组成的异同。RNA与DNA组成共同的碱基有腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶3种；不同的碱基尿嘧啶只出现在RNA中，胸腺嘧啶只出现在DNA中。

2、其组成碱基为A、C、G、T，而RNA的组成单位是四种核糖核苷酸，其组成碱基为A、C、G、U．故存在于RNA而不存在于DNA中的含N碱基为尿嘧啶。

3、尿嘧啶。RNA由尿嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤和胞嘧啶组成，而DNA由腺嘌呤、鸟嘌呤、胸腺嘧啶和胞嘧啶组成，碱基尿嘧啶只存在于RNA中。

1、和RNA-seq前期流程类似 -- 质控、去接头、比对参考基因组、排序后期就是要提取甲基化位点，包括CpG、CHG、CHH三种context，H代表非G位点（A、C、T）。

2、下图是 illumina 的建库流程，由于只保留原始 BS 处理后链互补链作为测序模板，因此 read1 序列跟 BS 后链序列相同。常用的 WGBS 比对软件是 Bismark， Bismark 将参考基因组序列预先进行 C-T 和 G-A 2种转换。

3、把基因组上所有的C都改到T，再来和测序测到的序列来对比。这样，就可以把原来的链给对比上。把基因组上所有的G都变成A，这样才能和经过PCR得到的原样本链睥互补链对比得上。

4、重亚硫酸盐测序该方法可以从单个碱基水平分析基因组中甲基化的胞嘧啶。首先，利用重烟硫酸盐对基因组DNA进行处理，将未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基变成尿嘧啶。

5、常用的DNA甲基化检测方法包括：甲基化特异性PCR（MSP）、全基因组甲基化测序（WGBS）、甲基化敏感限制性内切酶联PCR（MSRE-PCR）、甲基化特异性聚合酶链反等。

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