单细胞数据处理小细节汇总
关于有些细胞属于同一个cluster但是在umap或者tsne图上相聚较远的问题：UMAP和TSNE是各自的算法在PCA降维的基础上再进行非线形降维，在二维图上把其各自算法认为相近的细胞聚在一起。
进阶使用for循环，如处理两个患者的鼻腔样本，使用cellranger后生成三个文件：barcodes、features和matrix。可以使用for循环读取数据、提取线粒体基因比例、QC筛选、在metadata中添加新的一列、进行归一化并计算高变基因，最后将P2和P3合并在一个list中。
单细胞数据需要进行标准化处理，以适应不同类型和级别的数据变化。归一化是关键，通常包括调整总测序读取计数，按比例缩放到总体计数深度。Scran利用基于池的大小因子估计与线性回归进行数据归一化，这是除seurat使用的简单对数归一化外，最流行的方法之一。
主要步骤包括质量检查、修剪、demultiplexing、对齐和量化。这与bulk RNA-seq类似，主要差异在demultiplexing和量化上，不同协议下操作可能有所不同。例如，ZUMIs适用于大多数基于UMI的协议，对于Smartseq2等配对端全转录本协议，数据可能已完成这些步骤，无需手动处理。
要使用DoubletFinder，首先需要预处理单细胞数据，包括归一化、降维等操作，得到Seurat对象。接下来，通过测试最佳参数来确定最优pK值，然后计算双细胞比例、鉴定双细胞，并可视化结果。最终，将数据分为Doublet-Low Confidience、Doublet-High Confidience和Singlet三种细胞类型。
10×Genomics单细胞测序
1、×Genomics技术是由10×Genomics公司和FredHutchinson癌症研究中心共同开发的单细胞RNA测序方法，该技术能够实现数千个细胞的快速高效标记、测序和分析，与Illumina测序仪全面对接，提供单细胞水平的基因表达谱和差异情况，实现细胞群体的划分与细胞群体间差异表达基因的检测。
2、×genomics的建库测序流程主要包括：油滴凝胶珠捕获单细胞、单细胞裂解、凝胶珠上的PolyT捕获mRNA、测序以及按照barcode分类细胞、按照UMI去重复reads。其测序结果具有3’端数据优势，包括真正单细胞测序、超高细胞通量、细胞捕获效率高、细胞可适性高、多态率低、时间周期短以及性价比高等特性。
3、单细胞测序技术包括10x单细胞测序和smart-seq，两者在用途和目的上略有不同。bulk或smart-seq适用于检测差异基因，尤其是在细胞类型相对单一的情况下，smart-seq能提供更可靠和更丰富的基因数据。而10xGenomics则着重于细胞多样性，能检测组织中不同细胞类型的比例和数目变化。
4、科研领域中，10x Genomics单细胞测序系统如同武林至宝，助力科研工作者在单细胞领域称霸。以中国科学院分子植物卓越中心王佳伟课题组的研究为例，他们巧妙运用10x Genomics技术，揭示了植物组织的奥秘。
5、单细胞测序技术以单个细胞作为对象，通过对单个细胞遗传物质均匀扩增，标记建库后进行测序，最后对单个细胞基因组或转录组展开数据分析，其技术原理主要包括单细胞分离、扩增测序和数据分析3方面。
卡梅德生物-抗体发现:羊驼单B细胞单抗制备
单B细胞单抗制备技术：卡梅德生物运用此技术，从羊驼外周血或免疫器官中提取淋巴细胞，通过分选技术鉴定特定B细胞，单细胞培养，使用RT-PCR和抗体特异性引物鉴定抗体分泌的特异性，PCR技术扩增抗体基因，并克隆到表达载体中，最终在指定系统中表达纯化，验证抗体表达。卡梅德生物所获得的抗体品质上乘，成功率高。
卡梅德生物科技（天津）有限公司在兔单B细胞单抗制备服务和噬菌体展示技术领域具有核心竞争力。兔单B细胞单抗制备服务是公司的核心技术之一，能够提供高质量、高亲和力与高特异性的单克隆抗体。
具体流程包括：羊驼免疫过程中的抗原准备、免疫方案制定、采血、PBMC细胞分离等；噬菌体文库构建中的RNA提取、CDNA反转录合成、PCR扩增、载体构建等；以及抗体库筛选、抗体表达、纯化和亲和力测定等步骤。
卡梅德生物的PCT产品与优势 卡梅德生物的创新在于自主研发的PCT蛋白产品，通过免疫小鼠制备高特异性鼠抗人PCT单克隆抗体，适用于LFIA、CLIA和ELISA等多种诊断平台。这些抗体不仅能用于活性研究和蛋白相互作用的深入探究，还具备低内毒素、高纯度的特性。